计算机工程学院实验中心是河南省实验教学示范中心教学单位。

现拥有数据科学与大数据实验室、云计算实验室、物联网工程实训中心、物联网综合实训室、物联网基础实验室、嵌入式实验室、移动开发实验室、软件测试实验室、计算机网络实验室、网络信息安全实验室、综合布线实验室、软件实验室、多媒体技术实验室、计算机组成原理实验室、微机原理与接口实验室、计算机组装与实训实验室、信息与计算科学实验室共21个实验实训室。

有商丘学院校企共建无锡极客营项目实训室（一）、商丘学院校企共建无锡极客营项目实训室（二）、商丘学院校企共建苏州高博数据智能展厅、商丘学院校企共建苏州高博数据智能实训室4个校企共建实训室。

实验中心分布在教学楼H座，占地面积约2160平方米，拥有仪器设备1000多台，设备资产值一千余万元。承担实验教学任务外，还为教师科研、学生程序设计大赛、网络大赛提供环境和支持。在培养学生动手能力和提高综合素质方面发挥了重要作用，已成为能满足技能训练和创新人才培养需要的综合实践教学平台。